只有每个小组的前两名队伍才有淘汰赛的资格。在淘汰赛的场合，每轮都是进行主客场两场制，也設有作客入球優惠。当对战双方两回合比赛结束后，如果两场赛果总比分合计是打平但客队有进球优势时，则不进行加时赛，否则就要进行加時賽或点球用来决定晋级队伍。[7]

晉級圖

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十六強

半準決賽

準決賽

決賽

艾查殊

1

0

1

吉達艾阿里

1

2

3

吉達艾阿里

1

0

1

FC首爾

1

1

2

北京國安

0

1

1

FC首爾

0

3

3

FC首爾

2

2

4

艾斯迪格拿

0

2

2

艾沙比阿拉比

2

0

2

艾斯迪格拿

4

0

4

艾斯迪格拿

1

2

3

武里南聯

0

1

1

武里南聯

2

0

2

賓約哥

1

0

1

FC首爾

2

1

3

廣州恒大 (a)

2

1

3

全北現代汽車

0

2

2

柏雷素爾

2

3

5

柏雷素爾 (a)

1

2

3

艾沙比

1

2

3

艾加拉法

1

0

1

艾沙比

2

3

5

柏雷素爾

1

0

1

廣州恒大

4

4

8

中岸水手

1

0

1

廣州恒大

2

3

5

廣州恒大

2

4

6

歷基韋亞

0

1

1

希拉爾

0

2

2

歷基韋亞

1

2

3

十六強

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十六強的对阵是采取小組优先制度对阵。其中一个小組的首名队伍是先客后主，次名队伍是先主后客制度。[7]

第一隊

總比數

第二隊

首回合

次回合

西亞區

艾加拉法

1–5

艾沙比

1–2

0–3

艾查殊

1–3

吉達艾阿里

1–1

0–2

希拉爾

2–3

歷基韋亞

0–1

2–2

艾沙比阿拉比

2–4

艾斯迪格拿

2–4

0–0

東亞區

北京國安

1–3

FC首爾

0–0

1–3

武里南聯

2–1

賓約哥

2–1

0–0

中岸水手

1–5

廣州恒大

1–2

0–3

全北現代汽車

2–5

柏雷素爾

0–2

2–3

半準決賽

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在半準決賽至決賽这次抽籤中，不同國家的隊伍會進行對抗。而且采取了「国家保护」政策，即如果双方的对抗队伍都是来自同一国家，它们将不会在4强赛内同时相遇。但如果有多於兩家俱乐部来自同一国家，「国家保护」则不适用。

第一隊

總比數

第二隊

首回合

次回合

吉達艾阿里

1–2

FC首爾

1–1

0–1

艾斯迪格拿

3–1

武里南聯

1–0

2–1

柏雷素爾

3–3 (a)

艾沙比

1–1

2–2

廣州恒大

6–1

歷基韋亞

2–0

4–1

準決賽

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第一隊

總比數

第二隊

首回合

次回合

FC首爾

4–2

艾斯迪格拿

2–0

2–2

柏雷素爾

1–8

廣州恒大

1–4

0–4

決賽

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主条目：2013年亞足聯冠軍聯賽決賽

第一隊

總比數

第二隊

首回合

次回合

FC首爾

3–3 (a)

廣州恒大

2–2

1–1